Inventaire microscopique d'un biotope urbain.





par Jean-Marie Cavanihac

 


Certes le titre paraît quelque peu ronflant et ressemblerait presque à un sujet de thèse, si j'avais utilisé une méthode de recherche exhaustive ainsi qu'un dénombrement plus précis des espèces. En réalité ce que vise cet article – d'été -, c'est montrer que même dans une grande ville on peut toujours trouver des sujets d'étude intéressants et sur lesquels on peut passer plusieurs heures voire des jours d'observation.

 

Dans le cas présent il s'agit de Montpellier (ou Paris, Marseille, Lyon, Bordeaux, Toulouse... remplacez par la ville que vous voulez..!) et le site de prélèvement se situe dans un petit fleuve côtier : le LEZ (qui traverse la ville : il est sujet à des débordements en automne !) on ne peut plus aménagé et bétonné : voir photo ci dessous. Le trait rouge indique le site de prélèvement sur une rive en béton couverte de dépôts verts.
Quelques marches qui mènent à l'eau et qui permettent aux promeneurs de nourrir les canards, sont très pratiques pour prélever avec des moyens "sophistiqués" dont un exemple figure ci dessous ! (ancienne boite de film 35 mm au bout d'un tourillon de 50 cm) Le prélèvement obtenu en grattant la berge inclinée, avec le bord de la boite, tient dans un demi pot de yaourt en verre et à l'œil nu on y distingue déjà quelques algues filamenteuse, des dépôts verdâtres et sableux au fond. Un fragment d'élodée qui flottait à la surface est aussi récupéré car pas mal d'espèces ont besoin d'un support matériel pour prospérer.

 

 

 

Compte tenu de la chaleur externe en été (32 degrés!), ce prélèvement, qui à l'origine doit être aux alentours de 25° en eau courante, ne conserve pas longtemps à cette température, il faut donc essayer de le ramener vers une vingtaine de degrés pour réduire la consommation en oxygène des organismes qu'il contient. Par exemple en le plaçant au bain marie (froid) dans un autre récipient avec quelques glaçons .

 

Toutefois une observation rapide (dans les 2 heures est préférable car certaines espèces disparaissent rapidement). Lorsqu'on prélève une goutte de l'échantillon pour observer, il est important d'éviter de placer sur la lame de petits grains de sable, car il vont empêcher de poser la lamelle à plat et présentent un risque de casse de celle ci en approchant trop le x 40 : donc prélever près du fond du flacon à environ 1 mm en aspirant doucement, déposer une seule goutte sur la lame, (on peut continuer à vider goutte par goutte sur autant de lames que nécessaire et que l'on observera à la suite…) Poser la lamelle en la soutenant d'un coté avec une aiguille pour qu'elle ne tombe pas brusquement : l'eau devrait s'étaler sans dépasser, puis balayer toute la surface sous la lamelle en déplaçant la lame sous l'objectif. Commencer à un grossissement de 4 par exemple et repérer les formes de couleur verte, puis ce qui bouge, (protozoaires, rotifères,) l'évaporation de l'eau va finir par les ralentir (on peut aussi retirer un peu d'eau en appliquant sur un bord de la lamelle le coin d'un mouchoir en papier (de préférence du coté opposé à celui qu'on observe..) . Lorsque le sujet est parfaitement * au centre du champ de vision passer à l'objectif de grossissement supérieur.

* ce qui évite de le perdre , car le grossissement supérieur peut le faire sortir du champ, plus réduit de l'objectif

 

Pour ne pas alourdir cet article, je ne vais pas montrer des diatomées courantes, ni des rotifères habituels : par contre j'en donnerai la liste avec l'abondance relative (+,++,+++). Les noms en italiques correspondent aux images jointes.

Donc : diatomées :

  • Cymbela ++
  • Navicula +
  • Gomphonéma +
  • Coconéis +
  • Melosira ++

Une diatomée très longue et que je n'avais jamais rencontrée : fragillaria capitata


Cliquez sur l'image pour l'agrandir.

Rotifères :

  • Euclanis +
  • Lecane ++
  • Philodina +++
  • Dicranophorus ++
  • Brachionus +
  • Monommata +

    quelques espèces remarquables (moins fréquentes) dont voici les photos :

Un rotifère assez étrange avec le corps parsemé de pointes que l'on voit aplaties par la lamelle :
je pense à Dissotrocha +

 

Une autre image : on voit mieux le mastax et deux taches oculaires rouges

 

Un autre rotifère : Ptygura + qui se rétracte dans sa logette fixée sur une algue (élodée ici)

 

Le même en plus grand.

 

L'observation des branches de l'élodée, montre la présence inquiétante (pour le ptygura !) d'un rotifère prédateur (Cupélopagis vorax + ) que l'on a la chance de voir de profil avec sa nasse (a gauche) en forme de bol renversé servant à emprisonner ses proies 

 

 

Un voisinage inquiétant !

Cette lorica de rotifère : keratella cochléaris +

 

Un autre rotifère très agile : Polyarthra ++ mais qui disparaît très vite quelques heures après le prélèvement

Parmi les algues vertes : chlorophycae, plusieurs espèces remarquables :

  • Les classiques pédiastrum ++ et
  • quelques clostérium +..

    Certaines ci dessous sont dotées de flagelles et donc de mouvement : telle cette colonie de dinobryon, dont on distingue le stigma rouge ( organe sensible à la lumière) sur les exemplaires les plus à droite de l'image. Ce sont les espèces les plus sensibles et qui disparaissent rapidement

 

 

Pandorina, coelastrum : les flagelles sont visibles sur pandorina ainsi que le stigma rouge à droite

 

 

Une desmidiée  : Pleurotaenium

 

cosmarium (2 variétés)

 

scenedesmus, staurastrum , tetraedon

 

kirchneriella, actinastrium

 

Des algues filamenteuses :
  • Cladophora, +
  • Oedogonium +

 

Spirogyre ++: on voit les chloroplastes spiralés très serrés ici, dans une cellule de l'algue

Quelques protozoaires, (vaginicola + - fixés sur algues, colpodes +, …. ) mais pas trop dans un prélèvement frais dont de beaux stentors ++

 

Une amibe à coque : arcella + que l'on reconnaît vite à sa coloration jaune orangé

Quelques cladocères :

Chydorus ++


un cladocère non identifié car très remuant : (Alona ?)

 

un objet non identifié mais probablement un statoblaste de bryozoaire ,

 

Sans oublier les ostracodes avec leur coque bivalve : voici par exemple une image assez rare qui montre l'organisation interne d'un ostracode dont il ne reste que la structure entre les deux valves ouvertes

 

Quelques jours plus tard sont apparus dans l'échantillon une dizaine de copepodes d'eau douce, provenant probablement d'oeufs d'une femelle d'origine....On voit toute la richesse d'un simple prélèvement de ce qu'il est très facile de trouver dans l'eau de ruisseaux ou rivières. Plus l'eau coule lentement et plus on aura de chances de trouver des espèces différentes. Si vous n'avez pas de ruisseau sous la main, n'oubliez pas les fontaines, pièces d'eau des jardins publics, aquariums même, partout où vous voyez des dépôts verts ; S'il n'y a pas de dépôts c'est que l'eau est fortement javellisée donc vous n'y trouverez rien.

Comme de bien entendu respecter les procédures d'hygiène selon les lieux de prélèvement (gants, récipients fermant hermétiquement et réservés à cet usage , ne pas stocker les prélèvements auprès de la nourriture dans la glacière ! etc… se laver les mains et nettoyer son matériel (lames, lamelles, compte goutte, platine .. ) à l'alcool en fin de travail

JMC